Le notizie sulla genesi storica di Santa Croce di Magliano sono alquanto scarne e frammentarie e rasentano la leggenda. 
L'odierno paese, si è sviluppato nei pressi del preesistente nucleo di Santa Croce, che a cagione di terremoti e peste, ha accolto gli abitanti superstiti di altri insediamenti del vasto agro circostante. Tra questi spiccavano  Maglianello e Magliano, a cui dobbiamo la denominazione ancora vigente (all'entrata del paese giungendo da Rotello sono ancora visibili le mura della torre omonima. Un' antica leggenda declama sia collegata al centro cittadino da un'arcana galleria che sfocia nel Quartetto. Sarebbe dovuta servire come via di fuga per la popolazione di S.Croce in caso d'attacco. La torre sita in cima ad un'altura avrebbe permesso una difesa inaccessibile). 

Per parecchi secoli il nostro villaggio era nomato Santa Croce dei Greci perché ospitava un'ingente colonia di albanesi che liturgicamente osservavano il rito greco (spia ne sono i lasciti linguistici come "marauasce", i fuochi in onore di San Antonio nella notte del 19 Marzo, "sciusciafuoche", il soffietto per attizzare il focolare, i cognomi Licursi, Crapsi). 

Il primo documento che certifica l'esistenza di Santa Croce, è datato 1240 anche se non si esclude che il nucleo possa vantare natali più arcaici. L'agro di Santa Croce, fu sballottato tra i vari casati legati ai signori che si avvicendarono nella conquista delle terre italiane del Sud. 
Non sorprende quindi l'esistenza di testimonianze scritte che menzionano Santa Croce all'interno delle lotte tra personaggi storici quali Carlo V (l'imperatore sulle cui terre non tramontava mai il sole) e Francesco I suo ventennale rivale francese.

Il suo destino amministrativo fu comunemente soggiogato a Larino anche se nel 1811 fu elevata a capoluogo di Circondario avente alle proprie dipendenze Rotello, Montelongo, Bonefro, Colletorto e San Giuliano. 

Nel 1862 Santa Croce fu teatro di un episodio gravissimo. Il nascente parlamento italiano aveva predisposto un numeroso contingente di soldati volti a reprimere il brigantaggio, vero e proprio fenomeno di massa meridionale.
Detta popolazione, s'ostinava a negare l'unità nazionale dalla cui istituzione nulla aveva conseguito cui aveva vincolato un agognato cambio repentino della loro sorte, prontamente smentito. Le campagne di Santa Croce erano afflitte da miseria e arretratezza tecnica e culturale, condividendo simile destino con le tenute dell'intero meridione.
I FATTI: nella giornata del 6 Novembre 1862, il capitano Giuseppe Rota e 22 soldati del 36° Fanteria in contrada Sterparone, perivano in seguito ad un agguato perpetrato dai briganti capeggiati dai capi Cascione e Caruso. L'episodio provocò sdegno e commozione. Rota era stato uno dei Mille che seguì Garibaldi da Quarto.

Un bellissimo resoconto della vita cittadina di fine Ottocento ci è offerto da Donato Colonna, medico condotto, nato nel 1854 e morto nel 1899 autore del saggio "Topografia e condizioni igieniche-economiche di S. Croce di Magliano" ristampato nel 1990 da Ed.ENNE.
L'incipit decanta il paesaggio circostante in una cornice poetica, tale da anticipare in alcuni punti il Pascoli, che oltre ad attestare l'altezza culturale dell'uomo, confonde il lettore. La mano di Colonna, è riuscito ad idealizzare uno scenario, ancora oggi immutato, cui i nostri occhi scrutano indifferenti. Dal Colonna si deduce che Santa Croce vantava una popolazione superiore a quella attuale (circa 5-6000 anime) e sorprendentemente maggiore di comuni quali Campomarino e Termoli; primato perso e mai più riconquistato nel censimento del 1911. Inoltre era dotato di un carcere (adiacente al lato settentrionale della chiesa San Giacomo, l'attuale Camera del Lavoro. La navata piccola era adibita anticamente a cimitero), di una Pretura (di fronte all'imbocco della Strada Media, attuale via Roma, venendo dalla Chiesa Madre).
UNA CURIOSITA': il paese ospitava ben 11 cantine, con gran duolo di Colonna che ci riferisce atte ad accogliere giornalmente turbe di lavoratori che nel vino trovavano una miserevole via di fuga dalla miseria quotidiana scialando i pochi denari racimolati.